בשנת 1556 החל לפעול בבוהמיה מסדר הישועים במטרה לשפר את איכות החינוך הקתולי. הישועם הם אלה שיצרו את מסגרת הלימודים התיכונית. הלימודים התנהלו בשפה הלטינית וכללו חיבורים קלאסיים שעברו צנזורה וכן לוגיקה, פיזיקה, פילוסופיה ומטפיזיקה. הישועים עודדו תלמידים לא קתולים ללמוד בבתי הספר שלהם בתקווה להשפיע עליהם לעבור לקתוליות.